มูลนิธิสถาบันวิจัยและพัฒนาระบบสุขภาพชุมชน ก่อตั้งเป็นทางการโดยจดทะเบียนเป็นมูลนิธิเมื่อ 30 สิงหาคม  2556

ก่อนก่อตั้งเป็นมูลนิธิฯ สพช. ดำเนินการในรูปของสถาบันวิจัยและพัฒนาระบบสุขภาพชุมชน ซึ่งเป็นสถาบันในเครือข่ายของสถาบันวิจัยระบบสาธารณสุข เมื่อ 28 กุมภาพันธ์ 2549   ดำเนินงานร่วมและควบคู่ไปกับสำนักบริหารการพัฒนาระบบบริการปฐมภูมิ  ที่ตั้งขึ้นภายใต้สำนักงานปลัดกระทรวงสาธารณสุข  กระทรวงสาธารณสุข ที่มีบทบาทในการพัฒนาองค์ความรู้ พัฒนาทีมบุคลากรสาธารณสุข รวมถึงประสานและพัฒนาเครือข่ายที่ดำเนินงานในด้านระบบบริการปฐมภูมิ การพัฒนาระบบสุขภาพชุมชน ทั้งในเขตเมือง และชนบทในภูมิภาคต่างๆ ร่วมกับการสร้างความร่วมมือทางวิชาการกับองค์กรวิชาการ เชื่อมโยงการทำงาน เพื่อนำไปสู่การพัฒนาข้อเสนอเชิงนโยบาย การพัฒนาระบบที่เกี่ยวข้อง ประสานให้มีการพัฒนายุทธศาสตร์การพัฒนาระบบบริการปฐมภูมิระยะ 5 ปี 10 ปี  ตลอดจนการติดตามประเมินผล สถานการณ์ระบบบริการปฐมภูมิเป็นระยะ 

ในช่วงระยะหลัง สพช. ได้ขยายการทำงานในส่วนที่เป็นระบบสุขภาพชุมชน เพิ่มมากขึ้นตั้งแต่ปีพ.ศ. 2554   โดยการพัฒนาเป็นแผนวิจัยระบบสุขภาพชุมชน  การพัฒนางานสุขภาพชุมชน ในประเด็นตามกลุ่มประชากรต่างๆ ได้แก่ ประชากรผู้สูงอายุ   คนพิการ ผู้ป่วยโรคไม่ติดต่อเรื้อรัง   เด็กและเยาวชน    ขยายการดำเนินงานร่วมกับส่วนที่เป็นภาคี เครือข่าย ภาคประชาชน องค์กรปกครองส่วนท้องถิ่น หน่วยงานนอกสาธารณสุขเพิ่มมากขึ้น   แต่จุดเน้นการทำงานจะเป็นการพัฒนาระบบเชื่อมต่อหน่วยบริการสุขภาพกับหน่วยงานท้องถิ่น และชุมชน  ให้มีคุณภาพ และมีประสิทธิภาพมากขึ้น 

ปัจจุบัน ขอบเขตการทำงานของ มสพช. จะครอบคลุมทั้งประเด็นที่เป็นระบบบริการปฐมภูมิ  ระบบสุขภาพชุมชน   และการดูแลสุขภาพประชากรในกลุ่มวัย และกลุ่มเฉพาะต่างๆ